On utilise le verbe clocher pour parler d’une chose qui :
– n’est pas claire
– ne tourne pas rond
– ne va pas bien
– ne fonctionne pas

Si vous dites qu’une histoire cloche c’est parce qu’elle vous semble saugrenue ou abracadabrante ou parce qu’il vous semble que certains détails de l’histoire vous échappent …

On utilise généralement le verbe clocher de manière impersonnelle : “Ça cloche.” / “Il y a quelque chose qui cloche.”
On utilise très rarement ce verbe avec un groupe nominal sujet. On préfère dire qu'”il y a quelque chose qui cloche dans l’ordinateur” que “l’ordinateur cloche”.
D’autre part, on ne l’utilise jamais dans le cas d’une personne. On ne dit pas “ton ami cloche” !

Le verbe clocher vient du latin claudicare qui signifie boiter. En effet, lorsqu’on ressent une forte douleur à la jambe, on boite, on marche de travers parce que la douleur nous empêche de marcher correctement. D’une certaine façon, une histoire qui cloche est aussi un peu “boiteuse” parce qu’elle va de travers ! Il semblerait d’ailleurs que le mot clochard ait la même étymologie.

Enfin, je tiens à préciser que la cloche de l’église a une tout autre origine que notre verbe du jour. Pour en savoir plus : http://www.chilton.com/paq/archive/PAQ-00-208.html.